Évolution des virus de l’influenza A chez les porcs d’exposition et leur transmission à l’homme, 2013-2015
Les populations porcines constituent un lieu de brassage propice à l’émergence de nouveaux virus de l’influenza A réassortants (VIA). La transmission inter-espèces des VIA d’origine porcine représente une menace pour la santé publique à cause du risque de pandémie. Aux États-Unis, la majorité des cas de transmission zoonotique des VIA ont été associés à l’exposition de porcs dans des foires agricoles. En conséquence, cette interface homme-animal nécessite des stratégies d’atténuation fondées sur la compréhension des mécanismes de transmission inter-espèces chez les porcs d’exposition. De même, la diversité des VIA chez les porcs peut être une source de nouveaux virus réassortants ou mutés qui représentent un risque pour la santé des porcs, mais également de l’homme.
Méthodes et résultats
Afin de mieux comprendre ces risques, nous avons étudié ici l’épidémiologie des VIA chez les porcs d’exposition et leur transmission ultérieure à l’homme en effectuant des analyses phylogénétiques à l’aide de séquences génomiques complètes de 272 isolats de VIA collectés chez des porcs d’exposition et de 23 virus A(H3N2)v provenant d’hôtes humains au cours de la période 2013-2015. Soixante-sept foires (24,2 %) ont eu au moins un porc testé positif à un VIA, avec une prévalence globale estimée à 8,9 % (intervalle de confiance [IC] 95 % de Clopper-Pearson : 8,3-9,6). Sur les 19 génotypes trouvés chez les porcs, cinq ont également été identifiés chez l’homme. Il existe une corrélation positive entre le nombre de cas humains d’un génotype et sa prévalence chez les porcs d’exposition. En outre, nous avons démontré que les virus A(H3N2)v se regroupaient étroitement avec les virus des porcs d’exposition qui étaient prévalents la même année.
Conclusions
Ces données indiquent que de multiples génotypes de VIA de lignée porcine ont infecté des patients humains et que les génotypes de VIA les plus répandus chez les porcs d’exposition au cours d’une année donnée sont également les souches les plus fréquemment détectées dans les cas humains de variants de VIA. La poursuite de la surveillance et la caractérisation rapide des VIA chez les porcs d’exposition peuvent faciliter l’évaluation phénotypique et la mise en correspondance des souches vaccinales candidates avec les virus présents à l’interface homme-animal qui sont les plus susceptibles de se propager dans la population humaine.
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